Как отразить передачу оборотов между компаниями?

2 аффилированные компании АФ и КП, плательщики НДС, выписывают ЭСФ.
С 01.06.2017 года эти 2 компании работали по договору комиссии, где АФ - комитент, КП - комиссионер. АФ передавал товар КП и КП продавал физическим лицам. У КП есть 6 магазинов (3 в Алматы, 3 в Астане). С 01.02.2019 года (постепенно) магазины поэтапно начали переходить в АФ. КП приостановят. 1 магазин уже перешел в АФ.
В данный момент идет перерегистрация кассового аппарата по магазину. Так как в АФ еще не зарегистрирован кассовый аппарат, а в КП уже сняли с учета, то все товарные чеки выписываются от КП.
1: Как должен производиться взаимозачет между КП и АФ, если реализация физическим лицам по 1 магазину проходит через АФ? Или реализация должна проходить через КП?
2: Если будут возвраты от покупателей по товарам, которые ранее прошли через КП, то как АФ должен проводить дополнительный ЭСФ?