Как отразить дополнительные расходы по разным накладным и ГТД?

ТОО, общеустановленный режим налогообложения, плательщик НДС, импортирует товары из Китая.
Получены АВР и ЭСФ по транспортным услугам, чтобы отнести их на себестоимость ТМЗ проводим через документ Поступление дополнительных расходов. Но в полученных АВР и ЭСФ есть строки транспортных услуг до границы РК -где 0%, и по территории РК -12%. Если вручную поменяем в документе сумму НДС, то при сборе декларации ФНО 300.00 будут некорректные данные. Даже если будем проводить отдельными документами поступления дополнительных расходов (т.е. раздробим поступление на несколько накладных), без привязки к счету-фактуре и ЭСФ, то в формировании акта сверки будет несколько поступлений, например, получен ЭСФ на 2 000 000 тенге, то по дополнительным расходам 2 документа. Бывает случай, что были три ГТД отдельно каждый, поставщик транспортных услуг выписал один АВР, один ЭСФ, ведь нужно пропорционально распределить данные расходы по трем ГТД. Порекомендуйте операции при проведении данных в 1С, чтобы в декларации имели правильное отражение в 1С.