Как ошибки в части «условия оплаты» и «договор» в ЭСФ влияет на правомерность отнесения НДС в зачет?

Мы покупали товар всегда перечислением. Но последний раз денег не было и мы взяли за наличный расчет. Но счет-фактура была выписана раньше, чем произошла оплата. И в ЭФЦ в графе "условия оплаты" прописано безналичный расчет. И не прописан номер договора. Как эти ошибки влияют на взятие НДС в зачет. Налоговики говорят, что это грубейшее нарушение, и мы должны заплатить штраф и убрать НДС с зачета.