Могут ли назначать проверку за прошлый период?

Ситуация: Наша компания работает на рынке Казахстана с 2004 года. Мы импортируем товар с Великобритании. Основными нашими клиентами являются крупные нефтяные компании, на западе Казахстана. В этом году мы удалённо прошли таможенную проверку со стороны УГД ЗКО. То есть сначала получили уведомление с требованием предоставить по списку все документы (ГТД, инвойсы, ЭСФ, контракты). Затем они нам выслали предварительный акт с доначислением таможенных платежей. Всего 12 листов. УГД ЗКО привлекал представителей таможенного комитета для данной проверки. Нам было проведено начисление таможенных платежей и сразу же «возвращение» части таможенных платежей. Они ссылаются на Указ Президента от 20 июля 1995 года №2368, где говорится, что размер таможенного оформления 0,2% от таможенной стоимости. Просим вас дать разъяснения по данной ситуации. Если указ от 1995 года и нам не делали замечания ранее, по неправильному начислению таможенных платежей, то почему-то сейчас УГД ЗКО проводит данные проверки. При общении с брокерами они сказали, что ещё несколько компании находятся в подобной ситуации.

Если я оплачу разницу между начисленными платежами и возвращенными, данная оплата будет висеть как переплата на лицевом счёте и у меня в 1С? Могу ли данную «переплату» списать сразу же в 1С? Если да, то на какой счёт? И в годовой форме 100, в какой строке мне эту сумму необходимо указывать? Считаю, что пересдавать годовые отчёты за 2019, 2020 и 2021 года слишком трудоёмким и энергозатратным делом, так как сразу же меняется сумма уплаченного КПН и выплаченные дивиденды единственному участнику.