Как отразить операции от учредителя занимающего государственную службу?

Птицефабрика открылась в прошлом году, направление - производство яиц. Купили цыплят, пока только расходы. Директор - он же основатель, учредитель, в банке счет открыт на его имя, все расчеты (оплата за цыплят, кормов, витаминов и т.п.) делал с этого же счета, и теперь он говорит что надо то ли И,О. директора поставить, а он уйдет на больничный или передать организацию в доверительное управление задним числом, так как он, оказывается, работает в гос. учреждении и на его имя нельзя никаких отчислений и начислений делать.

1. Можно ли задним числом оформить передачу или назначение И.О. (какой вариант предпочтительней)? В банковском счете видно, что деньги вносил он.

2. Как это все сделать грамотно, чтобы потом не было претензий от налоговой?